Музей-мемориал — тюрьма Трубецкого бастиона расположена в юго-западном углу Петропавловской крепости. Здесь туристы могут ознакомиться с холодными, мрачными камерами. В начале тюрьма Трубецкого бастиона была открыта как подследственная, оборудовали 69 камер (по 22 кв. м.).
Тюрьма Трубецкого бастиона для политических заключенных действовала до 1921 года (официально была закрыта в марте 1918 года), построена по проекту инженеров К.П. Андреева и М.А. Пасыпкина. Здесь побывали члены «Земля и воля», народовольцы, всего более полутора тысяч человек. Среди заключенных в разное время: П.А. Кропоткин, Г.А. Лопатин, В.Н. Фигнер, А.И. Ульянов, Б.В. Савинков, М. Горький, Л.Д. Троцкий, А.Л. Парвус и др.
После февральской революции в Трубецкой бастион были заключены царские министры и руководители политической полиции, а позднее члены Временного правительства.
Тяжелее всего из-за сырости и холода приходилось заключенным в камерах внутри валов, узники быстро заболевали туберкулёзом. Политзаключенные не видели друг друга, а тюремщиков лишь мельком. Революционер-анархист Петр Алексеевич Кропоткин, в своих воспоминаниях отмечал ужасную сырость в камере, стены всегда были такие мокрые, что казалось, будто их специально поливают каждый день водой.
Коридоры были покрыты коврами, которые гасили звуки шагов охранников, которые еще надевали тапочки на кирзовые сапоги. Тюремщики подкрадывались и наблюдали в глазок за заключенными. Психологически — это было очень тяжелым испытанием в одиночке. Только «зеленые мундиры» имели право видеть лица осужденных и отдавать им приказы (разговаривать было запрещено). Кроме обычных одиночек на каждом этаже был предусмотрен карцер. Некоторые заключенные были лишены посещений, и им запрещали читать. Многие в результате одиночного содержания сходили с ума.
Иногда заключенные перестукивались друг с другом при помощи специального тюремного алфавита, напоминающего азбуку Морзе. Кто попадался за таким занятием, жестоко наказывали — переводили в карцер, где отсутствовал свет, а узников держали на хлебе и воде. За всю историю существования из главной политической тюрьмы царской России не произошло ни одного побега.